En fördel med en fysisk boll-och-stick-modell över en grafisk är den
förbättrade rumsliga förståelsen och manipulationen . Du kan fysiskt rotera och manipulera modellen för att visualisera molekylen ur olika perspektiv och bättre förstå dess tredimensionella struktur och dess samband mellan atomer. Detta är svårare att uppnå med statiska 2D -representationer eller till och med med interaktiva 3D -modeller på en skärm, särskilt för komplexa molekyler.
