En stor nackdel med att använda FTP från kommandoraden är dess
brist på säkerhet . FTP överför data i vanlig text, vilket innebär att användarnamn, lösenord och själva uppgifterna enkelt avlyssnas av alla som övervakar nätverkstrafiken. Detta gör det mycket sårbart för attacker och man-i-mitt-attacker. Medan SFTP (SSH File Transfer Protocol) erbjuder ett säkert alternativ, är det helt ett annat protokoll, inte en funktion i Standard Command-Line FTP.
