Det fanns två huvudversioner av Windows 98:
* Windows 98: Den ursprungliga utgåvan.
* Windows 98 Second Edition (SE): En uppdaterad version med flera bugfixar och förbättringar. Detta anses i allmänhet vara den mer stabila och allmänt använda versionen.
Även om det fanns några mindre variationer och uppdateringar inom dessa två huvudutsläpp, är det korrekt att säga att det fanns två stora versioner av Windows 98.
