Windows Server 2003 använder
ntfs (nytt teknikfilsystem) filsystem som standard.
Även om det också kan stödja andra filsystem som FAT32 och FAT16, används dessa främst för kompatibilitet med äldre operativsystem och enheter. För de flesta ändamål är NTFS det rekommenderade och föredragna filsystemet för Windows Server 2003.