Tredje generationens datorer, medan en betydande framsteg över sina föregångare, hade flera nackdelar:
* Hög kostnad: De integrerade kretsarna, även om de var mindre och mer effektiva än diskreta transistorer, var fortfarande dyra att tillverka och köpa. Detta begränsade deras tillgänglighet, främst till stora organisationer och regeringar.
* Luftkonditioneringskrav: ICS, även om de var effektivare än tidigare generationer, genererade fortfarande betydande värme. Detta krävde specialiserade och dyra luftkonditioneringssystem för att få dem att fungera pålitligt. Detta ökade den totala kostnaden och komplexiteten i driften.
* Begränsad programvara: Medan mjukvaruutvecklingen utvecklades var det fortfarande ett relativt ungt fält. Utbudet av tillgänglig programvara för tredje generationens datorer var mindre omfattande jämfört med senare generationer. Programmering var också ofta mer komplex och tidskrävande.
* Storlek och strömförbrukning: Även om de var mindre än sina föregångare var tredje generationens datorer fortfarande relativt stora och konsumerade betydande kraft jämfört med senare generationer.
* Reparation och underhåll: Även om mer tillförlitliga än tidigare datorer, var reparationer och underhåll fortfarande komplexa och potentiellt dyra. Specialiserade tekniker krävdes, vilket ytterligare ökade ägandekostnaderna.
* Limited Processing Power (relativt senare generationer): Medan en massiv förbättring jämfört med tidigare generationer är bearbetningskraften för tredje generationens datorer betydligt mindre än vad som finns i moderna persondatorer.
Det är viktigt att komma ihåg att dessa nackdelar är i förhållande till senare tekniska framsteg. Tredje generationens datorer representerade ett enormt språng framåt vid datoranvändning vid den tiden, och deras begränsningar övervinnades till stor del av efterföljande generationer.
