De primära nackdelarna med mikrodatorer (som persondatorer) jämfört med minicomputers (en nu till stor del föråldrad klass av datorer) är:
* Lägre bearbetningskraft och minne: Mikrodatorer har traditionellt betydligt mindre bearbetningskraft och RAM än minicomputers, vilket begränsar deras förmåga att hantera komplexa uppgifter, stora datasätt eller flera användare samtidigt. Medan moderna high-end-datorer är kraftfulla, faller de fortfarande i allmänhet under bearbetningsfunktionerna för till och med mellanklass från minicomputerare från sin storhetstid.
* Begränsad lagringskapacitet (historiskt): Medan lagringskapaciteten har ökat dramatiskt för mikrodatorer, hade mikrodatorer historiskt sett mycket mindre lagringskapacitet än minicomputers. Detta begränsade storleken på databaser och applikationer som kunde köras.
* mindre robust och pålitlig (historiskt): Minicomputers byggdes vanligtvis för högre tillförlitlighet och drifttid, med funktioner som redundanta komponenter och robusta kylsystem. Tidiga mikrodatorer var mer benägna att misslyckas. Moderna mikrodatorer har förbättrats avsevärt i tillförlitlighet, men saknar fortfarande vanligtvis den redundansnivå som finns i företagskvalitetssystem.
* Färre perifera alternativ (historiskt): Minicomputers stödde ofta ett bredare utbud av kringutrustning och specialiserade gränssnitt jämfört med tidiga mikrodatorer.
* högre kostnad per enhet (för avancerad bearbetning): Medan enskilda mikrodatorer är relativt billiga, skulle det kräva ett kluster av mycket avancerade mikrodatorer, vilket gör den totala kostnaden betydligt högre att uppnå en kraftfull minicomputer, vilket gör en kluster av mycket avancerade mikrodatorer, vilket gör den totala kostnaden betydligt högre.
Det är viktigt att notera att skillnaden mellan mikrodatorer och minicomputers till stor del är historisk. Moderna servergårdar som består av många mikrodatorer kan enkelt överträffa alla minicomputer som någonsin har byggts. Marknadssegmentet MinicPuter är i huvudsak borta, absorberas av mer flexibel och skalbar serverteknologi baserad på mikroprocessorer.
