Superdatorer kan konfigureras för fleranvändaråtkomst, men det är inte inneboende i deras definition. Många superdatorer används av flera forskare eller team, ofta genom ett sofistikerat jobb schemaläggningssystem som gör det möjligt för många användare att skicka in uppgifter som sedan utförs parallellt. Själva systemet kanske emellertid inte är direkt interaktivt som en typisk flera användarserver som du skulle logga in med en skrivbordsmiljö. Istället interagerar användare vanligtvis indirekt genom att skicka jobb och sedan kontrollera resultat.
