Det finns inget sådant som ett "mikroskopoperativsystem" på det sätt som det finns ett Windows eller MacOS -operativsystem för en dator. Mikroskop har inte sina egna oberoende operativsystem.
Istället styrs funktionaliteten för ett modernt mikroskop, särskilt avancerade, av:
* inbäddad programvara: Sofistikerade mikroskop har ofta inbäddad programvara (firmware) som körs på en mikrokontroller eller liknande processor i själva mikroskopet. Denna programvara styr de grundläggande funktionerna som fokusering, scenrörelse, belysningsintensitet och ibland till och med bildfångst på en mycket grundläggande nivå.
* Datorprogramvara: Mer komplexa operationer, bildbehandling, dataanalys och avancerade kontrollfunktioner kräver vanligtvis en dator som kör specialiserad programvara. Denna programvara ansluter till mikroskopet (ofta via USB, Ethernet eller andra gränssnitt) och fungerar som ett gränssnitt mellan användaren och mikroskopens hårdvara. Programvaran, inte ett operativsystem i själva mikroskopet, tillhandahåller användargränssnittet och kontrollerna. Denna programvara kan köras på Windows, MacOS eller Linux.
Kort sagt uppnås kontrollen av ett mikroskop genom en kombination av inbäddad firmware och datorprogramvara, inte ett dedikerat mikroskopoperativsystem.
