Operativsystemet använder en mängd olika index för att hantera datorfiler, men det mest grundläggande är en
filallokeringstabell (FAT) eller en mer sofistikerad variant som en
master filtabell (MFT) (används i NTFS). Dessa är inte index på samma sätt som ett databasindex är, men de tjänar ett liknande syfte:tillåter snabb åtkomst till fildata.
* fett: Denna tabell kartlägger fildata till kluster (sammanhängande block) på lagringsenheten. Det är en relativt enkel struktur, effektiv för mindre enheter.
* mft: Detta är en mer komplex databasliknande struktur som används av NTFS. Varje fil och katalog har en post i MFT som innehåller metadata (namn, storlek, plats, attribut, etc.) och pekare till var filens data lagras på disken. Detta möjliggör mycket effektivare hantering av stora filer och enheter och stöder funktioner som filtillstånd och journalföring.
Även om de inte strikt indexerar i databasens mening, är dessa tabeller avgörande för att operativsystemet snabbt hittar och får åtkomst till filer på lagringsmediet. Andra index kan användas av operativsystemet för specifika ändamål (som att söka), men det grundläggande indexet för filhantering är filallokeringstabellen eller dess efterträdare, MFT.